Acinetobacter baumannii izolatlarında Dna Gyrase direnç genleri olan gyrA, gyrB ve parC mutasyonlarının real time pcr yöntemiyle araştırılması
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2015
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Trakya Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
A. baumannii, antibiyotik direnç genleri yüzünden tedavi edilmesi zor bir patojendir. Bazı suşları florokinolonlar dahil olmak üzere birçok antimikrobiyal ajanlara dirençlidir. A. baumannii kinolon direnci belirlenmesi, DNA Gyrase ve topoizomeraz IV genlerinin mutasyonlarının saptanmasıyla gerçekleştirilir. Kinolonlar DNA replikasyonu sırasında enzim kompleksine bağlanarak DNA çoğalmasını engelleyerek bakteri aktivitesini engeller. Bu çalışmada A. baumannii izolatlarında DNA Gyrase direnç genleri olan gyrA, gyrB ve parC mutasyonlarının Real Time PCR yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilip otomatize sistem ile A. baumannii olarak tanımlanmış ve stoklanmış 73 A. baumannii dirençli klinik izolatlar kullanıldı. A. baumannii izolatları boncuklu bakteri saklama tüplerine alınmıştır ve 37°C’de bir gece üremeleri sağlandıktan sonra -20 °C’de saklanmıştır. -20 °C’de saklanılan bakteriler, bir gün etüvde 37°C’de bekletilmiştir. Üremesi sağlanılan bakterilerin DNA izolasyonu yapılmıştır. RT-PCR sonuçlarına göre benzer gen bölgesi olanlar gruplandırılmıştır (GA1, GA2, GA3, P1, P2, P3, GB1, GB2). Gerçekleştirdiğimiz çalışmada elde edilen dizilerde gyrA S83(TCA)’in L83 (TTA) mutasyonu; parC S80(TCG)’nin L80(TTG) veya W80(TGG) mutasyonu, E84(GAA)’nin K84(AAA) mutasyonu; ve gyrB E479(GAA)’nın D479(GAT) mutasyonu, D644(GAT)’nin Y644(TAT) mutasyonu, A677(GCG)’nin V677(GTG) mutasyonu taranmıştır. Mutasyon taramalarında, mutasyon içermeyen referans dizilerle, bu çalışmada elde edilen DNA dizileri Clustal W2 programı kullanılarak karşılaştırılmıştır. gyrA için referans dizi gen bankası ulaşım no DQ270238.1, gyrB için referans dizi gen bankası ulaşım no CU468230.2, parC için referans dizi gen bankası ulaşım no HM570038.1’dir. Veriler incelendiğinde, GA1, GA2 ve GA3 genotipinin her üçünde de S83(TCA)’in L83 (TTA) mutasyonu tespit edilmiştir. parC ve gyrB genotiplerinde mutasyon gözlemlenmemiştir.
abstract
Resistance to antimicrobial agents against strains of pathogenic bacteria winner, especially in the hospital environment it is known to spread to the community developed. A. baumannii treating antibiotic resistance genes difficult because of a pathogen. Some strains are resistant to many antimicrobial agents, including fluoroquinolone. Acinetobacter baumannii quinolone resistance determining, DNA Gyrase and topoisomerase IV it is performed with the detection of mutations in genes. Modifications of gene dependent resistance to quinolones DNA Gyrase the subunits gyrA or topoisomerase the subunits parC it is associated with. Quinolones during DNA replication binds rapidly to the enzyme complex activity inhibits bacterial DNA replication by inhibiting and the bacterial activity. Acinetobacter baumannii mutations in the gyrA gene high quinolone resistance determining region of or ciprofloxacin resistant it was determined to be associated with intermediate. Therefore, it should be understood by this mechanism. In this study Acinetobacter baumannii isolates resistance genes in DNA Gyrase gyrA, gyrB and parC investigation of the mutation Real Time PCR intended. In this study Trakya University Health Research Center Microbiology Laboratory sent isolated and automated systems from various clinical specimens Acinetobacter baumannii as defined and stockpiled 73 Acinetobacter baumannii resistant clinical isolate was used. Acinetobacter baumannii isolates taken to Microbank and 37°C after a night reproductive supplied -20°C stored. For DNA isolation -20°C covert bacteriaone day in the oven was heated to 37°C. Providing bacteria growth petri through a colony was collected by self and DNA isolation was performed
abstract
Resistance to antimicrobial agents against strains of pathogenic bacteria winner, especially in the hospital environment it is known to spread to the community developed. A. baumannii treating antibiotic resistance genes difficult because of a pathogen. Some strains are resistant to many antimicrobial agents, including fluoroquinolone. Acinetobacter baumannii quinolone resistance determining, DNA Gyrase and topoisomerase IV it is performed with the detection of mutations in genes. Modifications of gene dependent resistance to quinolones DNA Gyrase the subunits gyrA or topoisomerase the subunits parC it is associated with. Quinolones during DNA replication binds rapidly to the enzyme complex activity inhibits bacterial DNA replication by inhibiting and the bacterial activity. Acinetobacter baumannii mutations in the gyrA gene high quinolone resistance determining region of or ciprofloxacin resistant it was determined to be associated with intermediate. Therefore, it should be understood by this mechanism. In this study Acinetobacter baumannii isolates resistance genes in DNA Gyrase gyrA, gyrB and parC investigation of the mutation Real Time PCR intended. In this study Trakya University Health Research Center Microbiology Laboratory sent isolated and automated systems from various clinical specimens Acinetobacter baumannii as defined and stockpiled 73 Acinetobacter baumannii resistant clinical isolate was used. Acinetobacter baumannii isolates taken to Microbank and 37°C after a night reproductive supplied -20°C stored. For DNA isolation -20°C covert bacteriaone day in the oven was heated to 37°C. Providing bacteria growth petri through a colony was collected by self and DNA isolation was performed
Açıklama
Yüksek Lisans Tezi
Anahtar Kelimeler
gyrA, Direnç, Acinetobacter Baumannii, Mutasyon, Kinolon, parC, gyrB, Quinolone, Resistance, Mutation
