Yazar "Kayiş, Uğur" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim
    Öğe
    Acinetobacter baumannii izolatlarında Dna Gyrase direnç genleri olan gyrA, gyrB ve parC mutasyonlarının real time pcr yöntemiyle araştırılması
    (Trakya Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2015) Kayiş, Uğur; Sipahi, Tammam; Ökten, Suzan
    A. baumannii, antibiyotik direnç genleri yüzünden tedavi edilmesi zor bir patojendir. Bazı suşları florokinolonlar dahil olmak üzere birçok antimikrobiyal ajanlara dirençlidir. A. baumannii kinolon direnci belirlenmesi, DNA Gyrase ve topoizomeraz IV genlerinin mutasyonlarının saptanmasıyla gerçekleştirilir. Kinolonlar DNA replikasyonu sırasında enzim kompleksine bağlanarak DNA çoğalmasını engelleyerek bakteri aktivitesini engeller. Bu çalışmada A. baumannii izolatlarında DNA Gyrase direnç genleri olan gyrA, gyrB ve parC mutasyonlarının Real Time PCR yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilip otomatize sistem ile A. baumannii olarak tanımlanmış ve stoklanmış 73 A. baumannii dirençli klinik izolatlar kullanıldı. A. baumannii izolatları boncuklu bakteri saklama tüplerine alınmıştır ve 37°C’de bir gece üremeleri sağlandıktan sonra -20 °C’de saklanmıştır. -20 °C’de saklanılan bakteriler, bir gün etüvde 37°C’de bekletilmiştir. Üremesi sağlanılan bakterilerin DNA izolasyonu yapılmıştır. RT-PCR sonuçlarına göre benzer gen bölgesi olanlar gruplandırılmıştır (GA1, GA2, GA3, P1, P2, P3, GB1, GB2). Gerçekleştirdiğimiz çalışmada elde edilen dizilerde gyrA S83(TCA)’in L83 (TTA) mutasyonu; parC S80(TCG)’nin L80(TTG) veya W80(TGG) mutasyonu, E84(GAA)’nin K84(AAA) mutasyonu; ve gyrB E479(GAA)’nın D479(GAT) mutasyonu, D644(GAT)’nin Y644(TAT) mutasyonu, A677(GCG)’nin V677(GTG) mutasyonu taranmıştır. Mutasyon taramalarında, mutasyon içermeyen referans dizilerle, bu çalışmada elde edilen DNA dizileri Clustal W2 programı kullanılarak karşılaştırılmıştır. gyrA için referans dizi gen bankası ulaşım no DQ270238.1, gyrB için referans dizi gen bankası ulaşım no CU468230.2, parC için referans dizi gen bankası ulaşım no HM570038.1’dir. Veriler incelendiğinde, GA1, GA2 ve GA3 genotipinin her üçünde de S83(TCA)’in L83 (TTA) mutasyonu tespit edilmiştir. parC ve gyrB genotiplerinde mutasyon gözlemlenmemiştir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Acinetobacter spp, izolatlarında dışa atım pompası (Dap) inhibitorlerinin siprofloksasinin etkinliği üzerine etkisi
    (Trakya Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2016) Kayiş, Uğur; Ökten, Suzan
    Son yıllarda, dirençli bakteri enfeksiyonlarının tedavisi için en gerçekçi yaklaşımın, yeni antimikrobiyal bileşiklerin sentezlenmesinden ziyade, direncin inhibe edilmesine yönelik araştırmalar olduğu düşünülmektedir. Projede, fenilalanin-arjininbeta- naftilamid (PAßN)’in, Karbonil-siyanid m-klorofenil hidrazon (CCCP)’nin ve 1-(1- naphthylmethyl)-piperazine (NMP)’nin A. baumannii klinik izolatlarında, siprofloksasinin minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) üzerine etkisinin saptanması, siprofloksasin direncini ortadan kaldıran ideal inhibitör konsantrasyonunun hesaplanması amaçlanmıştır. Çalışmamızda kullanılmak üzere Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi’nden temin edilen 70 izolatın 67’sinin A. baumannii olduğu doğrulanmıştır. 67 A. baumannii izolatından siprofloksasine dirençli olduğu tespit edilen 66 izolatta siprofloksasin duyarlılığı PAßN, CCCP ve NMP varlığında yeniden araştırılmıştır. Antimikrobiyal duyarlılık testleri mikrodilüsyon yöntemi ile yapılmıştır. PAßN,CCCP ve NMP varlığında, siprofloksasinin MİK değerinde 4 kat ve daha fazla azalma tespit edilen izolatlar dama tahtası testine alınmıştır. Dama tahtası sonuçlarına göre siprofloksasin direncini ortadan kaldıran inhibitör konsantrasyonları ile FİK indeksleri hesaplanmış ve kombinasyonun etkisi sinerjik ya da aditif olarak tanımlanmıştır. Sonuç olarak, dama tahtası yönteminin ideal inhibitör konsantrasyonu hesaplamak ve inhibitör etkiyi göstermek açısından yeterli olduğu düşünülmektedir.