Yazar "Gürkan, Hakan" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 15 / 15
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Genetic Diagnosis of Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia: Four Novel Pathogenic Variations in Turkish Patients(2020) Baysal, Mehmet; Demir, Selma; Ümit, Elif G.; Gürkan, Hakan; Baş, Volkan; Gülarslan, Sedanur Karaman; Demir, Ahmet MuzafferAims: Hereditary hemorrhagic telangiectasia is an autosomal dominant disorder characterized by telangiectasia, epistaxis, and vascular malformations. Pathogenic mutations were found in ENG, AVCRL1, SMAD4, and GDF genes. In this study, we present our database of patients with hereditary hemorrhagic telangiectasia regarding the phenotype-genotype relations and discuss two novel ENG gene pathogenic variations in two unrelated families. Methods: Next Generation Sequencing analysis was performed on the peripheral blood of nine patients with hereditary hemorrhagic telangiectasia in four unrelated families. All patients were diagnosed with hereditary hemorrhagic telangiectasia according to the Curaçao criteria. Data on treatment and screenings of visceral involvement were recorded from files. Results: We have found a pathogenic variation in either the ENG or ACVRL1 gene in each family. Two novel pathogenic variations in the ENG gene, including NM_000118.3 (ENG): c.416delC (p.P139fs*24) and NM_000118.3(ENG): c.1139dupT (p.Leu380PhefsTer16), were found in the same family. The NM_000020.2(ACVRL1): c.1298C>T (p.Pro433Leu) pathogenic variation in the ACVRL1 gene in our first family and a novel heterozygous likely pathogenic NM_000020.2(ACVRL1): c.95T>C (p.Val32Ala) variation was found in our second family. Seven of the nine patients were treated with thalidomide for controlling bleeding episodes. All patients responded to thalidomide. In one patient, the response to thalidomide was lost and switched to bevacizumab. Conclusion: In hereditary hemorrhagic telangiectasia, certain types of mutations correlate with disease phenotypes and with next generation sequencing methods. New pathogenic variations can be revealed, which might help manage patients with hereditary hemorrhagic telangiectasiaÖğe HİPOTONİ TANILI ÇOCUK HASTALARDA GENOM KOPYA SAYISI VARYASYONLARININ ÖNEMİ(2021) Atlı, Emine İkbal; Gürkan, Hakan; Eker, DamlaAMAÇ: Hipotoni, uzuvlarda, gövdede veya kraniyofasiyal iskelet kaslarında azalmış tonusu belirtmek için kullanılan genelbir terimdir. Doğumda veya daha sonra çocukluk dönemindetespit edilebilir. Tanıyı koymak, prognozu öngörebilmek, tedavistratejileri ve ailenin daha sonra doğacak çocukları için tekrarlama riskini belirlemek açısından önemlidir. Nörolojik muayeneve beyin görüntülemesine ek olarak konvansiyonel sitogenetik,moleküler sitogenetik ve moleküler genetik testler klinik tanıyıdesteklemek açısından önemlidir. Hipotoni, minor veya majormalformasyonlarla ve bilişsel yetersizlik ile birlikte olduğu za- man otozomal kromozom anormallikleri düşünülmelidir. Arala- rında klinik farklılıklar bulunan değişik kromozom anormallikle- ri ve sendromlarda atipik yüz görünümü, el ve ayakta dismorfikbulgular veya diğer organ malformasyonları bulunabilir. Genetik testlerdeki son gelişmeler, moleküler tanıların daha da genişleyen yelpazesi spinal müsküler atrofi, konjenital miyotonikdistrofi, Prader-Willi sendromu ile hastalık altında yatan mutasyonların (konjenital kas distrofileri ve birkaç konjenital miyopati) tanımlanması, bu semptomu olan çocuklara spesifik tanıimkanı sağlar.GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmamıza Trakya Üniversitesi Hastanesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı, Genetik Hastalıklar Tanı Merkezipolikliniğine 2017-2019 yılları arasında hipotoni klinik ön tanısıile birlikte müracaat eden 47 çocuk hasta dâhil edildi. Hasta genomik DNA’ları ile array-karşılaştırmalı genomik hibridizasyon(aCGH) çalışması gerçekleştirildi.BULGULAR: 47 hastanın 12’sinde (%25,53) 557kb ila 40 Mbarası büyüklükte kopya sayısı değişimleri (CNV) saptandı. Tespitedilen kopya sayısı varyantları, Genomik Varyantlar Veritabanı(DGV), Ensembl kaynakları Genomik Varyasyon ve Fenotip Veritabanı (DECIPHER), Sitogenomik Diziler için Uluslararası Standartlar (ISCA) ve Klinik olarak ilgili varyant veritabanlarının yorumlarının genel arşivi veritabanları ile literatür taramalarındanaraştırılarak değerlendirilmiştir.SONUÇ: Yenidoğan ve infantil dönemde hipotoni nedenleriarasında yer alan tablolar, genetik sendromlar, kas hastalıkları,kranial malformasyonlar, metabolik hastalıklar özellikle peroksizomal ve mitokondriyal hastalıklardır. Bu grup hastalıklar arasında ayırıcı tanısı yapabilmek için EMG, Kranial MR ve kas biopsisigibi invazif testler uygulanır. Sonuç olarak, yenidoğan ve infantil döneminde ciddi hipotoni varlığında hastanın genetik açıdan değerlendirilmesi, sebebi bilinmeyen hipotoninin nedeninioluşturan pek çok hastalığın tanısı için yapılacak gereksiz invasiftestlerin yükünden hastayı kurtarabilir. Erken tanı, ayrıca, hastalığa özgü ortaya çıkabilecek problemlerden korunma ve erkentedavisi açısından da bir o kadar önemlidir. Hastalığın erkendönemde tanısını koymak, hastanın rehabilitasyonuna dahaerken başlama imkânı sağlayacağından önem arz etmektedir.Öğe Inherited Variants is a Genetic Determinant of Mercaptopurine/Methotrexate Intolerance in Children With Acute Lymphoblastic Leukemia(2022) Atli, Emine Ikbal; Eker, Damla; Atlı, Engin; Demir, Selma; Yalçıntepe, Sinem; Gürkan, Hakan; Eren, TubaObjectives: Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most common malignancy in children with distinctive features across its different subtypes. Although the etiology of ALL has not been fully elucidated, it has been shown that the onset of ALL is partly due to genetic factors. Genes related to drug transport, metabolism, detoxification and DNA repair could influence the cytotoxic effects associated with chemotherapy, including those involved in the transport (e.g., ABCB1, ABCC2, MTHFR and SLCO1B3), and transporter of folate (SLC19A1) of MTX and 6-MP. Likewise, genes involved in DNA-binding transcription factor activity and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding (NR3C1) and DNA repair (TYMS) have previously been linked with cytotoxicity of 6-MP and/or MTX. Methods: In the current study, we therefore aimed to assess prior associations for 17 selected genetic variants in 5 genes, in a large cohort of 41 ALL patients treated with mercaptopurine (6-MP) and methotrexate (MTX) combination therapy or mono-therapy of whom detailed clinical toxicity datas were available. Results: Among the 17 variants in 5 genes evaluated according to the results of our study, the polymorphisms in rs2893881 (G/A) in ARID5B were closely related to therapy toxicity. To our knowledge, the effect of ARID5B variants on childhood ALL has not been studied in Turkey. Several genome-wide and candidate gene association studies have reported strong associations between ARID5B SNPs and risk of ALL and toxicity to therapeutic drugs in different populations. Conclusion: Finally, one of the most significant findings from this study is that ARID5B germline SNPs related to ALL treatment toxicity. To our knowledge, this is the first report to describe the relationship between ARID5B and ALL treatment response in the context of a preliminary ALL clinical trial. Further investigation of ARID5B variation in line with different ALL treatment regimens is required to improve its value as a prognostic marker.Öğe Investigation the etiology of syndromic autism with targeted gene analysis(2021) Yalçıntepe, Sinem; Gürkan, Hakan; Demir, Selma; Bozatlı, Leyla; Atlı, Engin; Altay, Mengühan Araz; Atlı, Emine İkbalAim: In this study, we aimed to determine the etiology of syndromic autism with analyzing 50 genes with a targeted gene panel. Cases with a pre-diagnosis of genetic syndrome including autism spectrum disorder were analysed in the current study. Materials and Methods: The targeted gene panel containing fifty genes causing syndromic autism was sequenced using the Illumina NextSeq550 platform. Forty-nine cases with autism spectrum disorder and syndromic clinical findings were analysed after excluding chromosomal abnormalities, microdeletion/duplication syndromes and Fragile X syndrome. Results: Pathogenic/likely pathogenic variants or variants of unknown clinical significance were detected in 26.5% (13/49) of the cases. One case was diagnosed with KBG Syndrome with a de novo pathogenic variant detected in the ANKRD11 gene. Other two pathogenic/likely pathogenic variants were detected in DHCR7 and AMT genes, two cases were accepted as carriers for these genes. Eleven variants of unknown clinical significance were detected in the VPS13B, SETD2, DHCR7, GRIP1, MED12, ALDH5A1, CREBBP, NSD1 and CHD7 genes. Conclusion: In this study, the diagnosis rate was 2%, and the rate of pathogenic/likely pathogenic variant detection rate was 6%, after excluding the cases diagnosed with microdeletion/duplication syndromes and Fragile X Syndrome. Our study is the first study in the literature with 50 genes targeted panel investigating the association of autism spectrum disorder and syndromic disorders with high phenotypic diversity.Öğe Kardiyovasküler Hastalıkların Tanısında Yeni Nesil Dizi Analizi Yöntemi ile Genetik Varyasyonların Tespitinin Önemi(2020) Yalçıntepe, Sinem; Gürkan, Hakan; Solak, Sezgi Sarıkaya; Ulusal, Selma Demir; Atlı, Emine İkbal; Atlı, Engin; Altay, ServetGİRİŞ ve AMAÇ: Kardiyovasküler hastalıklar (KVH) geniş bir hastalık grubu olup, etiyopatogenezinde farklı risk faktörleri olmakla birlikte, genetik faktörler ayrı bir öneme sahiptir. Çalışmamızda, hedefli genlerin moleküler genetik analizinin KVH’da klinik tanıya hangi oranda katkı sağladığını belirlemeyi amaçladık.YÖNTEM ve GEREÇLER: KVH klinik tanısı ile takip edilen 38 hastada, periferik kandan DNA izolasyonu sonrasında 54 OMIM genini kapsayan hedefli panel kullanılarak, Illumina NextSeq550 sisteminde bu 54 genin analizi gerçekleştirildi.BULGULAR: Çalışmaya 23 erkek, 15 kadın olmak üzere dahil edilen hastaların yaş ortalaması kadınlarda 33.6, erkeklerde 32.8 olmak üzere tüm olgularda ortalama 33.1’di. 11 olguda (%28.9) 13 patojenik/olası patojenik varyasyon, 13 (%34.2) olguda 16 klinik önemi bilinmeyen varyasyon (VUS) saptadık. 6’sı patojenik/olası patojenik, 3’ü VUS olmak üzere toplam 9 varyasyon açık erişimli veri tabanlarında bugüne kadar rapor edilmemiş yeni varyasyondu.TARTIŞMA ve SONUÇ: KVH grubunda yeni nesil dizi analizi (NGS), çalışmamızda tanıya % 28.9 oranında bir katkı sağladı. NGS ile, nedeni belirlenemeyen kardiyovasküler hastalık bulgusu olan olgularda, çoklu gen analizi tanı oranlarını arttırmakta, tanı koyma süresini kısaltmaktadır.Öğe KRAS Mutation in Small Cell Lung Carcinoma and Extrapulmonary Small Cell Cancer(2016) Kodaz, Hilmi; Taştekin, Ebru; Erdoğan, Bülent; Hacıbekiroğlu, İlhan; Tozkır, Hilmi; Gürkan, Hakan; Çiçin, İrfanBackground: Lung cancer is one of the most lethal cancers. It is mainly classified into 2 groups: non-small cell lung can-cer (NSCLC) and small cell lung cancer (SCLC). Extrapul-monary small cell carcinomas (EPSCC) are very rare. The Ras oncogene controls most of the cellular functions in the cell. Overall, 21.6% of human cancers contain a Kirsten Ras (KRAS) mutation. SCLC and EPSCC have several similar features but their clinical course is different.Aims: We investigated the KRAS mutation status in SCLC and EPSCC.Study design: Mutation research.Methods: Thirty-seven SCLC and 15 EPSCC patients were included in the study. The pathological diagnoses were confirmed by a second pathologist. KRAS analysis was performed in our medical genetic department. DNA isola-tion was performed with primary tumor tissue using the QIAamp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen; Hilden, Germany) in all patients. The therascreen KRAS Pyro Kit 24 V1 (Qia-gen; Hilden, Germany) was used for KRAS analyses. Results: Thirty-four (91.9%) of the SCLC patients were male, while 11 (73.3%) of the EPSCC l patients were fe-male. SCLC was more common in males, and EPSCC in females (p=0.001). A KRAS mutation was found in 6 (16.2%) if SCLC patients. The most common mutation was Q61R (CAA>CGA). Among the 15 EPSCC patients, 2 had a KRAS mutation (13.3%). When KRAS mutant and wild type patients were compared in the SCLC group, no differ-ence was found for overall survival (p=0.6).Conclusion: In previous studies, the incidence of KRAS mutation in SCLC was 1-3%; however, it was 16.2% in our study. Therefore, there may be ethnic and geographical differences in the KRAS mutations of SCLC. As a result, KRAS mutation should not be excluded in SCLCÖğe Lack of Association Between Toll-like Receptor 2 Polymorphisms (R753Q and A-16934T) and Atopic Dermatitis in Children from Thrace Region of Turkey(2017) Can, Ceren; Yazıcıoğlu, Gülfer Mehtap; Gürkan, Hakan; Tozkır, Hilmi; Görgülü, Adnan; Süt, Necdet HilmiBackground: Atopic dermatitis is the most common chronic inflammatory skin disease. A complex interaction of both genetic and environmental factors is thought to contribute to the disease. Aims: To evaluate whether single nucleotide polymorphisms in the TLR2 gene c.2258C>T (R753Q) (rs5743708) and TLR2 c.-148+1614T>A (A-16934T) (rs4696480) (NM_0032643) are associated with atopic dermatitis in Turkish children. Study Design: Case-control study. Methods: The study was conducted on 70 Turkish children with atopic dermatitis aged 0.5-18 years. The clinical severity of atopic dermatitis was evaluated by the severity scoring of atopic dermatitis index. Serum total IgE levels, specific IgE antibodies to inhalant and food allergens were measured in both atopic dermatitis patients and controls, skin prick tests were done on 70 children with atopic dermatitis. Genotyping for TLR2 (R753Q and A-16934T) single nucleotide polymorphisms was performed in both atopic dermatitis patients and controls. Results: Cytosine-cytosine and cytosin-thymine genotype frequencies of the TLR2 R753Q single nucleotide polymorphism in the atopic dermatitis group were determined as being 98.6% and 1.4%, cytosine allele frequency for TLR2 R753Q single nucleotide polymorphism was determined as 99.29% and the thymine allele frequency was 0.71%, thymine-thymine, thymineadenine, and adenine-adenine genotype frequencies of the TLR2 A-16934T single nucleotide polymorphism were 24.3%, 44.3%, and 31.4%. The thymine allele frequency for the TLR2 A-16934T single nucleotide polymorphism in the atopic dermatitis group was 46.43%, and the adenine allele frequency was 53.57%, respectively. There was not statistically significant difference between the groups for all investigated polymorphisims (p>0.05). For all single nucleotide polymorphisms studied, allelic distribution was analogous among atopic dermatitis patients and controls, and no significant statistical difference was observed. No homozygous carriers of the TLR2 R753Q single nucleotide polymorphism were found in the atopic dermatitis and control groups. Conclusion: The TLR2 (R753Q and A-16934T) single nucleotide polymorphisms are not associated with atopic dermatitis in a group of Turkish patients.Öğe Major depresyon olgularında norepinefrin transfer geni polimorfizmleri sıklığı(Trakya Üniversitesi, 2006) Gürkan, Hakan; Bozkurt, GökayÖZETMajör Depresif Bozukluk en az bir Majör Depresif Evre ile tanımlanır; ki bu,hastanın aşağıdaki semptomların en az dördüne ek olarak depresif ruh halinin ve/veyaanhedonisinin olduğu iki haftalık bir düşük fonksiyon dönemidir. Bu semptomlar: 1-belirgin kilo değişimi (vücut ağırlığının %5'i kadar kayıp ya da alım), 2- insomni(uykusuzluk) ya da hipersomni (uyanık kalamama), 3- psikomotor ajitasyon ya daretardasyon, 4- yorgunluk, 5- değersizlik ya da suçluluk hisleri, 6- azalmışkonsantrasyon/dikkat, 7- tekrarlayan ölüm ya da intihar düşünceleri.Majör depresif bozukluk önemli prevalans ve morbiditeye sahip bir bozukluktur.Bunun kalıtımsal bir bozukluk olduğu açıktır ve genetik etkiler bu hastalığa duyarlılığa%30-50 kadar katkı sağlıyor gözükmektedir. Bu bariz genetik role rağmen, altta yatanpatofizyoloji açıkça heterojendir. Nöral gelişim, genler ve çevre arasındaki etkileşim,majör depresyonu gen ve çevre arasında etkileşimin paylaşıldığı en güzel örnekbozukluklardan biri haline getirmektedir. Genetik eğilim ve çevresel streslerin birkombinasyonu SSS'de, afektif duyarlılığın altında yatanlara benzer nitelikte değişikliklereyol açar. Bugüne kadarki aday gen çalışmaları, serotonin geri alım taşıyıcısındapolimorfizmlerin olası üstün rolünü ortaya koyarlar. Bu polimorfizimler depresyonaduyarlılığı artıran kişilik özellikleri ve çevresel tahriklere bağlı intihar riskini artırabilir.Hayvan modelleri, hem 5-HT sistemi hem de CRF sistemindeki anomalilerin anksiyöz vedepresif semptomatoloji riskini artırıcı rolünü destekler. Hayvan modelleri ve insangörüntülemesi ile limbik subkortikal yapılar ile dorsal-ventral prefrontal kortikaletkileşimleri içeren nöral devreler aydınlatılmaktadır. Dahası, beyinsapı monoaminnöronal devresinin bu sistemleri nasıl ayarlayabildiğinin modeli de yavaş yavaş açıklığakavuşturulmaktadır.111Bugüne kadar majör depresyon için bir genetik locus araştıran, yayımlanmış, tekbağlantı ve ilişkilendirme çalışması nispeten az sayıda aday gen kullanmıştır. Gelecekte,genom çapında tarama ile gerçekleştirilecek nötr-hipotez bağlantı çalışmaları,depresyonun genetik çeşitliliğinin altında yatan yeni genetik locusların tanımlanmasınaolanak tanıyacaktır. Depresyona duyarlılığı artıran nicel özelliklerin daha iyi anlaşılması,bu tarz bağlantı çalışmalarında ilerleme kaydedilmesi açısından kritik olacaktır. Ek olarak,transjenik kemirgenlerde mikro-PET uygulamalarının ilerletilmesi, yakında gen-çevreetkileşiminin görüntülenmesini mümkün kılacaktır. Dolayısıyla yakında, depresyonaduyarlılığın genetik mekanizmalarına, bu genlerin transjenik modellerdeki rolüne veafektif cevabın altında yatan, bu genlerin nöral devrelerdeki rolüne ulaşmak mümkünolacaktır.Çalışmamızda, majör depresyonla NET geninin iki bilinen dizilim varyantıarasında allelik ilişki olup olmadığını anlamaya çalıştık. Bir polimorfizm sık ortaya çıkansessiz 1287 G/A (Exon 9) mutasyonu ve diğeri yine sessiz 1398 G/A (İntron 9)mutasyonuydu. 1287G/A polimorfizmini NET geninin kodlanma alanında (exon 9)yerleşimli, yüksek dağılım frekanslı tek gen olduğu için NET geni ve majör depresyonarasındaki ilişkiyi belirlemek için seçtik.Çalışmaya toplam 49 birbirleri ile akraba olmayan hasta ve 49 aynı ırklardan,normal, akraba olmayan kontrol dahil edildi. Tüm kontroller ve hastalar beyaz ırktandı(Caucasian). Hastalar Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Psikiyatri Birimi'ndenseçildi ve DSM-IV kriterlerine göre rekürren majör depresyon tanısı almışlardı. SadeceHamilton'un Depresyon için Derecelendirme Skalası'ndan (HAMD, 17 maddelik) en az18 skor alan denekler çalışmaya dahil edildi. Tüm hastaların şizofreni dahil hiç 1. ve 2.eksen tanıları yoktu.Bizim sonuçlarımız 1287 G/A NE taşıyıcı polimorfik varyantının majördepresyonun genetiğinde belirgin bir rol oynamadığını ortaya koyar ama mevcutçalışmanın örneklem boyutu küçük çaplarda etkileri saptayacak mevcut güçteolmadığından genetik sorumluluğa minör katkıları dışlamaz.Bu tarz çalışmalar depresif semptomatolojinin ve majör depresyonpatofizyolojisinin anlaşılırlığını artıracak, aynı zamanda bu çaptan düşürücü bozukluklariçin mevcut tedavi seçeneklerini çoğaltacaktır.Anahtar Kelimeler: Major Depresyon, Norepinefrin Transfer Geni, DNA Dizi Analizi,Denatüre Edici Gradient Jel Elektroforezi112Öğe A Novel PHEX Mutation in A Case Followed Up with A Diagnosis of X-linked Hypophosphatemic Rickets(Galenos Publ House, 2023) Demirbas, Ozgecan; Eren, Erdal; Öngen, Yasemin Denkboy; Sag, Sebnem Ozemri; Gürkan, Hakan; Temel, Sehime GulsunIntroduction: X-linked hypophosphatemic is a result of a mutation which leads to loss of function in the phosphate-regulating endopeptidase homolog X-linked (PHEX) gene. The case is here presented of a patient followed up for XLH rickets, with the formation of a stop code through frame-shifting mutation in the PHEX gene. Case Report: An 18-month old male infant presented at our clinic with the complaint of curvature in the legs. In the physical examination of the infant, height was measured as 78 cm (-1.67 SDS) and weight was 12.5 kg (0.52 SDS). Deformity was present in the frontal protusion, the wrist widths and the legs. Laboratory test results were determined as phosphorus: 2.3 mg/dL (n=3.5-4.7), calcium: 9.8 mg/dL (n=8.5-10.5), alkaline phosphatase (ALP) 707 IU/L (n=40-150), 25(OH) D vitamin:18 mu g/L (n=18-40), PTH: 79 pg/mL (n=15-68), and tubular phosphorus reabsorption was low (71%). Visualisation on wrist radiographs of collapse in the metaphyseal sections of the radus and ulna and metaphyseal irregularity. Conventional treatment was started. Next generation sequence analysis of the proband revealed the presence of a hemizygous c.281_288delTTCCCGAA (p.lle94ArgfsTER14) frameshift variant in PHEX gene. This novel variant is pathogenic according to the ACMG criteria, and not reported in any database before. While full-fill clinical recovery was not achieved with conventional treatment and some complications occured, Burosumab treatment was started. Conclusion: Here presented of a patient who was diagnosed with XLH, and was then determined with a novel mutation in the PHEX gene. The current treatment options directed at the basic pathology render genetic diagnosis more important in cases of hypophosphatemic rickets.Öğe Prenatal Sitogenetik Anormallikler ve Ultrasonografik olarak Saptanan Fetal Anomalilerin Korelasyonu(2022) Atlı, Emine İkbal; Atlı, Engin; Yalçıntepe, Sinem; Akurut, Cisem; Demir, Selma; Gürkan, Hakan; Varol, FüsunBu çalışmada, Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde 8 yıllık süreçte anormal ultrasonografi bulguları ile gelen 141 adet amniyosentez, 9 koryon villus ve 5 fetal kan örneği sitogenetik olarak analiz edilmiştir. Amacımız ultrasonografi taramasında anomali riski öngörülen gebeliklerdeki karyotipik anormalliklerin korelasyonunu belirlemekti. Amniyosentez, koryon villus ve kordosentez örnekleri ile yapılan hücre kültürlerinden elde edilen karyotipler değerlendirilmiştir. Ayrıca hızlı tanı için interfaz nukleuslarında X,Y,13, 18,21 kromozomları için floresan insitu hibridizasyon yöntemi ile anöploidi taraması yapılmıştır. Anormal ultrasonagrafi bulgusu ile refere edilen 155 hastadan 23 tanesinde (%14.83) kromozom anomalisi saptanmıştır. NT artışı en sık tespit edilen ultasonografi bulgusuydu. Kromozom anomalilerinden 2 tanesi yapısal kromozom anomalisi olarak değerlendirildi. Geriye kalan 21 hastada saptanan anomaliler sayısal kromozom anomalisiydi. Bu 21 sayısal anomaliden 5 tanesi trizomi 13, 3 tanesi trizomi 18, 13 tanesi trizomi 21’dir. Trizomi 21 vakalarından 1 tanesi kordosentez materyalinden, 1 tanesi ise CVS materyalinden elde edilmiştir. Sonuçlarımız, yüksek riskli bir populasyonda kromozom anomalileriyle, ultrasonografik bulgular arasındaki ilişkinin anlamlı olduğunu ortaya çıkarırken, seçilen ultrasonografik belirteçlerin fetüsteki anöploidiyi saptamadaki geçerliliğini doğrulamaktadır.Öğe Results of mitochondrial DNA sequence analysis in patients with clinically diagnosed leber’s hereditary optic neuropathy(2012) Gürkan, Hakan; Özal, Sadık Altan; Esgin, HalukAmaç: Klinik olarak Leber’in Herediter Optik Nöropatisi (LHON) tanısı alan hastalarda, kesin tanı ve genetik danışmanlık verilebilmesi için olası mitokondriyal DNA mutasyonlarının araştırılması. Gereç ve Yöntemler: 1982-2007 yılları arasında klinik olarak LHON tanısı alan 10 hasta kliniğimize davet edildi. Bütün olgularda rutin oftalmolojik muayeneden sonra alınan periferik venöz kan örneklerinden mitokondriyal DNA ayrıştırılarak, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve mitokondriyal DNA dizi analizi yapıldı. Bulgular: 6 hastadan birinde Homozigot mutant olarak m.11778G>A tek nükleotid değişimi (SNP) saptandı. 12 olgunun hepsinde m.14212C>T ve m.14580G>A SNP bulundu. 6 hastanın üçünde saptadığımız m.11719A>G SNP, aynı zamanda kontrol grubundaki 4 kişide de saptandı. 6 hastanın ikisinde m.3197T>C SNP ve bunlardan birinde ayrıca m.14258G>A SNP bulunurken bu SNP’lerin hiçbirine kontrol grubunda rastlanmadı. Sonuç: Klinik olarak LHON tanısı alan olgularımızdan sadece birinde bilinen mutasyonlardan biri saptanarak klinik tanı moleküler genetik olarak da desteklendi. m.14258G>A SNP’nin optik nöropatiye yol açabilecek olası mitokondriyal DNA mutasyonu olabileceği öngörüsündeyiz. Bu hipotezimizin kesinlik kazanabilmesi için olgu ve kontrol grubu sayısının arttırılarak çalışılmasına ihtiyaç vardır.Öğe Sendromik Olmayan Konjenital Yarık Damak-Dudak Bulunan Hastalarda Kopya Sayısı Varyasyonlarının Belirlenmesi(2021) Atlı, Emine İkbal; Atlı, Engin; Yalçıntepe, Sinem; Demir, Selma; Özen, Yasemin; Gürkan, HakanDudak damak yarığı en sık görülen kraniyofasiyal anomalidir. Olguların %70 inde eşlik eden anomali bulunmaz ve non sendromik dudak damak yarığı olarak adlandırılır. Genetik biliminde moleküler ve kantitatif olarak meydana gelen gelişmeler bu patolojinin sendromik ve sendromik olmayan her iki tipinde de genetik mekanizmalarının rol oynuyor olabileceğini düşündürmektedir. Sendromik olmayan yarık dudak/damak, embriyonik dönemde gerçekleşen yaygın bir gelişimsel anormalliktir. Bu çalışma, yarık dudak/damak patogenezinde yer alan kopya sayısı değişimlerine bağlı genetik anormallikleri tanımlamak amacı taşımaktadır. Genom çapında kopya sayısı varyasyonlarını saptama hedefli CytoScan 180K dizisi kullanılarak yaptığımız çalışma, 1-15 yaşları arasındaki 17 yarık damak dudak olan hasta örneği ile gerçekleştirilmiştir. Yedi önemli kopya sayısı değişimi saptanmıştır. Bu değişimler yarık damak dudak hastalarında, duplikasyonlardan (9p23-p24, 18q12.1, Xp22.12, Xp22.31, Yq11.21/16q24.1) ve delesyonlardan (5q21.3 ve 6p22.3-23) oluşuyordu. Genetik faktörlerin sendromik olmayan vakalarda da rol oynadığı çalışmamız ile de gösterilmiştir. Daha geniş ölçekli genom tarama çalışmaları farklı populasyonlarda da devam etmektedir. İleriye yönelik hasta yönetiminde göz önünde tutulması gereken; aile ve akrabalarda yarık dudak ve damak bulunması halinde sonraki çocukta yarık damak dudak görülme riskinin arttığıdır. Anne babanın etkilenmediği sporadik vakalarda dahi, bir sonraki çocukta oral yarık riskinin arttığı göz önünde tutulmalı ve aile, sonraki gebelik için mutlaka bilgilendirilmelidir.Öğe Tekrarlayan gebelik kaybı öyküsü olan hastalarda NLRP2,NLRP7 ve KHDC3L gen varyasyonları ilişkisinin araştırılması(Sağlık Bilimleri, 2021) Moustafa, Netzat; Gürkan, HakanTekrarlayan gebelik kaybı (TGK), üreme sağlığında önemli bir problemdir. TGK vakalarının yaklaşık %50'sinin nedeni açıklanamamıştır. TGK etiyolojisinde genetik temeli anlamak, teşhis ve prognoz için önemlidir. Bu nedenle çalışmamızda kadın üreme sisteminde önemli işlevleri olan KHDC3L, NLRP2 ve NLRP7 genlerinin TGK ile ilişkisini araştırmayı amaçladık. Çalışmaya Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi polikliniğine TGK öyküsü ile başvuran 96 kadın hasta dahil edildi. Hastalarda KHDC3L, NLRP2 ve NLRP7 genleri NGS yöntemi ile olası varyasyonlar açısından analiz edildi. NLRP7 geninde rs73055288, rs1276342435, NLRP2 geninde rs200815567, rs199475713, rs147585490, rs149897717, rs145361990 ve KHDC3L geninde rs1032302298, rs553706174 varyasyonlarını saptadık. Çalışmamızda açık erişimli veri tabanlarında ve/veya ACMG-2015 kriterlerine göre “patojenik, olası patojenik varyasyon” saptanmadı. Çalışmamızda saptamış olduğumuz sekiz varyasyonun global allel frekansı 0.004’den küçüktü (0.004-0.000004). Bu varyasyonların normal fertiliteye sahip kadınlarda da araştırılmasının literatüre önemli katkılar sağlayacağı öngörüsündeyiz.Öğe Trakya populasyonundaki ailevi akdeniz ateşi hastalarında MEFV geni ekson 2 ve ekson 10 gen bölgesi mutasyonları(2010) Gürkan, Hakan; Özkayın, Neşe Emine; Tabakçıoğlu, Kıymet; Algüneş, ÇetinAmaç: Çalışmamızın amacı Trakya populasyonunda Ailevi Akdeniz Ateşi etyopatogenezinde yer alan MEFV geni ekson 2 ve ekson 10 gen bölgesi mutasyonlarının otomatize DNA dizi analizi metodu ile araştırılarak elde edilen sonuçların literatürdeki diğer çalışmalar ile karşılaştırılmasıdır. Hastalar ve Yöntemler: Çalışmaya Ailevi Akdeniz Ateşi tanılı hastalardan, birbirileri ile akrabalık ilişkisi bulunmayan, aynı karakteristik dil özellikleri gösteren ve en az üç kuşaktır Trakya Bölgesi'nde yaşayanlar (34 kadın, 34 erkek) dahil edildi. MEFV geni ekson 2 ve ekson 10 gen bölgeleri polimeraz zincir tepkimesi ile çoğaltılarak, otomatize DNA dizi analizi metodu ile nükleotid dizileri belirlendi. Bulgular: Trakya populasyonunda MEFV geni ekson 2 gen bölgesinde G442C, T306C, A414G, C495A, G605A, ekson 10 gen bölgesinde G2040C, A2080G, G2082A, A2084G, T2177C, G2282A tek nükleotid değişimleri belirlendi. Sonuç: Çalışmamızın sonuçları MEFV geni ekson 2 gen bölgesinde belirlediğimiz T306C, A414G, C495A, G605 tek nükleotid değişiklikleri ve ekson 10 gen bölgesinde belirlediğimiz mutasyonların sıklıkları açısından literatür ile farklılıklar göstermektedir.Öğe Two Cases of Cystic Fibrosis with Compound Heterozygous Variants Reported for the First Time(2020) Yalçıntepe, Sinem; Gürkan, Hakan; Atlı, Engin; Sayın, Niyazi Cenk; Başaran, Ümit Nusret[Abtract Not Available]
