dc.contributor.author | Turhan Serttaş, Pelin | |
dc.contributor.author | Özcan, Tamer | |
dc.date.accessioned | 2019-12-23T07:07:00Z | |
dc.date.available | 2019-12-23T07:07:00Z | |
dc.date.issued | 2018 | en_US |
dc.identifier.citation | Turhan Serttaş, P , Özcan, T . (2018).Intraspecific variations studied by ISSR and IRAP markers in mastic tree (pistacia lentiscus l.) from Turkey Trakya University Journal of Natural Sciences , 19 (2) , 147-157 . DOI: 10.23902/trkjnat.433329 | en_US |
dc.identifier.issn | 2147-0294 | |
dc.identifier.issn | 2528-9691 | |
dc.identifier.uri | https://dx.doi.org/10.23902/trkjnat.433329 | |
dc.identifier.uri | http://dspace.trakya.edu.tr/xmlui/handle/trakya/4868 | |
dc.description.abstract | In this study, intra-specific variations in naturally growing and cultivated mastic tree (Pistacia lentiscus L.) samples
obtained from western parts of Turkey were examined using ISSR and IRAP marker techniques. Samples from Crete and Chios
were also included in the study. Morphological measurements of some leaf characteristics of the samples were performed and
the measured data was evaluated statistically with a Pearson Correlation analysis to reveal the correlations between character
pairs. ISSR primers produced 81 bands between 161-1884bp with 96.3% polymorphism and IRAP primers produced 72 bands
between 124-2027bp with 91.67% polymorphism. Polymorphism information content (PIC) values were 0.458 and 0.418 for
ISSR and IRAP, respectively. Genetic similarity matrix was examined with Jaccard’s coefficient. Maximum similarity was
found between the Cretan samples (LG2 and LG3) with the ISSR analysis (0.933) and between L25A (C1, Bodrum) and L29A
(C1, Milas) with the IRAP analysis (0.593). Unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) dendrogram was
divided into 12 and 4 groups by ISSR and IRAP methods, respectively. Specimens were segregated on 3 main different clusters
by the Principal Component Analysis (PCA) based on the combined marker systems. The results showed that P. lentiscus has
very high ratios of intraspecific variation. The present work is an original study in terms of large sampling including wild
genotypes, cultivated specimen, Chios and Cretan varieties, use of ISSR and IRAP combination, determination of relations
between culture and wild genotypes and the use of Bagy-1 retrotransposons in intraspecific polymorphism. This study may be
considered as a reference study for studies on gene pools of P. lentiscus and phylogenetic relationships within the species and
may contribute to species concept and agricultural breeding programs. | en_US |
dc.description.abstract | Bu çalışmada, ISSR ve IRAP markör teknikleri kullanılarak Türkiye’nin batı kesiminde doğal olarak yetişen ve kültürü
yapılan sakız ağacı (Pistacia lentiscus L.) örneklerindeki tür içi varyasyon analizi yapılmıştır. Girit ve Sakız Adası örnekleri
de çalışmaya dahil edilmiştir. Bazı yaprak özelliklerinin morfolojik ölçümleri gerçekleştirilmiş ve aralarındaki korelasyon
Pearson Korelasyon analizi ile belirlenmiştir. ISSR primerleri 161-1884bç arasında %96,3 polimorfizm ile 81 bant üretmiştir.
IRAP primerleri ise 124-2027bç arasında %91,67 polimorfizm ile 72 bant üretmiştir. Polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değerleri
0,458 (ISSR) ve 0,418 (IRAP) arasında bulunmuştur. Genetik benzerlik matriksleri Jaccard katsayısıyla oluşturulmuştur. ISSR
sonuçlarında en yüksek benzerlik Girit örnekleri (LG2 ve LG3) arasında (0,933) ve IRAP sonuçlarında ise L25A (C1, Bodrum)
ve L29A (C1, Milas) arasında bulunmuştur. UPGMA yöntemiyle kurulan dendrogramlarda sırasıyla ISSR için 12 grup ve
IRAP için 4 grup ayrılmıştır. Her iki markör sistemi için ortak kurulan temel bileşen analizi (PCA) grafiğinde 3 farklı küme
oluşmuştur. Sonuçlar göstermiştir ki, P. lentiscus yüksek oranlarda tür içi varyasyona sahiptir. Bu çalışma, ISSR ve IRAP
markörlerinin yabani genotipler, kültür türleri, Sakız Adası ve Girit çeşitlerinin analizinde kullanımı, kültür varyeteleri ve
yabani genotipler arasındaki ilişkilerin belirlenmesi ve tür içi polimorfizmde Bagy-1 retrotranspozonlarının kullanımı açısından
özgün bir çalışmadır. Söz konusu çalışma, P. lentiscus gen havuzunun ve filogenetik ilişkilerinin araştırılması, tür sınırlarını
saptamaya yönelik yapılacak tarımsal ıslah çalışmaları için referans niteliğindedir | en_US |
dc.language.iso | eng | en_US |
dc.publisher | Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü | en_US |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | en_US |
dc.subject | IRAP | en_US |
dc.subject | ISSR | en_US |
dc.subject | Phylogenetics Analysis | en_US |
dc.title | Intraspecific variations studied by ISSR and IRAP markers in mastic tree (pistacia lentiscus l.) from Turkey | en_US |
dc.type | article | en_US |
dc.authorid | 0000-0001-8617-7437 | en_US |
dc.department | Bölüm Yok | en_US |
dc.identifier.volume | 19 | en_US |
dc.identifier.issue | 2 | en_US |
dc.identifier.startpage | 147 | en_US |
dc.identifier.endpage | 157 | en_US |
dc.relation.publicationcategory | Makale - Uluslararası Hakemli Dergi - Başka Kurum Yazarı | en_US |
dc.relation.journal | Trakya University Journal of Natural Sciences | en_US |