Yazar "Kanev, Martin Orlinov" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 4 / 4
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Consistency of variant interpretations among bioinformaticians and clinical geneticists in hereditary cancer panels
    (Springernature, 2022) Agaoglu, Nihat Bugra; Unal, Busra; Dogan, Ozlem Akgun; Kanev, Martin Orlinov; Zolfagharian, Payam; Sag, Sebnem Ozemri; Temel, Sehime Gulsun
    Next-generation sequencing (NGS) is used increasingly in hereditary cancer patients' (HCP) management. While enabling evaluation of multiple genes simultaneously, the technology brings to light the dilemma of variant interpretation. Here, we aimed to reveal the underlying reasons for the discrepancy in the evidence titles used during variant classification according to ACMG guidelines by two different bioinformatic specialists (BIs) and two different clinical geneticists (CGs). We evaluated final reports of 1920 cancer patients and 189 different variants from 285 HCP were enrolled to the study. A total of 173 of these variants were classified as pathogenic (n = 132) and likely pathogenic (n = 41) by the BI and an additional 16 variants, that were classified as VUS by at least one interpreter and their classification would change the clinical management, were compared for their evidence titles between different specialists. The attributed evidence titles and the final classification of the variants among BIs and CGs were compared. The discrepancy between P/LP final reports was 22.5%. The discordance between CGs was 30% whereas the discordance between two BIs was almost 75%. The use of PVS1, PS3, PP3, PP5, PM1, PM2, BP1, BP4 criteria markedly varied from one expert to another. This difference was particularly noticeable in PP3, PP5, and PM1 evidence and mostly in the variants affecting splice sites like BRCA1(NM_007294.4) c.4096 + 1 G > A and CHEK2(NM_007194.4) c.592 + 3 A > T. With recent advancements in precision medicine, the importance of variant interpretations is emerging. Our study shows that variant interpretation is subjective process that is in need of concrete definitions for accurate and standard interpretation.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Ergene Nehir Suyunun Soğan (Allium cepa L.) Kök Ucu Hücrelerinde Genotoksik Etkisinin Değerlendirilmesi
    (2017) Kanev, Martin Orlinov; Özdemir, Kezban; Gökalp, Fulya Dilek
    Türkiye'de endüstriyel hareketlerin artması ile birlikte, Trakya bölgesinde organize sanayi alanları kurulmuş ve bunun sonucunda özellikle Trakya bölgesini besleyen Ergene Nehri ve çevre alanlarında kirlilik artmıştır. Bu çalışmada, Ergene nehir suyunun Allium cepa L. kök ucu hücrelerinde genotoksik ve sitotoksik etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada Ergene nehir suyundan iki farklı istasyondan aynı dönemde alınan su örnekleri 0.1/100 mL, 1/100 mL, 5/100 mL, 10/100 mL, 20/100 mL ve 40/100 mL konsantrasyonlar ile soğan (Allium cepa L.) kök ucu hücreleri 24 saat muamele edilerek sitogenetik anormallikler belirlenmiş ve mitotik indeks hesaplanmıştır. Her iki istasyondan alınan örneklerin, uygulanan tüm dozlarında mitotik anormallikleri kontrole göre anlamlı bir şekilde arttırdığı ve mitotik indeksi anlamlı olarak değiştirdiği belirlenmiştir. En fazla gözlenen mitotik anormallikler kromozomlarda asenkronizasyon, yanlış kutuplaşma ve C-mitozdur. Sonuçlar Ergene nehir suyunun A. cepa testinde genotoksik ve sitotoksik etkili olduğunu göstermektedir
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Flow sitometri ve kullanım alanları
    (2016) Kanev, Martin Orlinov; Gökalp, Fulya Dilek Muranlı
    Hücrelerin biyokimyasal ve fiziksel özelliklerinin senelerdir primer mikroskop özellikleri kullanılarak saptanmasınakarşılık, günümüzde flow sitometri tekniği kullanılmaya başlanmıştır. Flow sitometri, çeşitli hücrelerin bir süspansiyonhalinde bir akış kanalı boyunca tek tek geçmesi ve bu sırada hücre büyüklüğü ve granülaritesine göre sınıflandırılmasıesasına dayanan bir teknik ve cihazdır. Bu cihaz ile hücrenin yüzey ve iç proteinleri, organelleri ve diğer bileşenlerianaliz ve ayrımı, lazer ve elektronik teknolojisi kullanılarak büyüklük, granülarite ve floresans emisyonu esasına göregerçekleştirilmektedir. Flow sitometri tekniğinin temelini iyi bilmemiz bu tekniği birçok patolojide kullanmamızısağlayarak sonuçlarının standardizasyonunu ve tanı koydurucu değerini de arttıracaktır.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Üç Pestisitin Parazitoit Itoplectis maculator (Fabricius, 1775) (Hymenoptera:Ichneumonıdae) Üzerine Toksisitesi
    (2017) Kanev, Martin Orlinov; Aydoğdu, Mitat
    Tarım alanlarında kullanılan pestisitler, sadece doğadaki zararları organizmaları değil aynı zamanda doğrudan veya dolaylı olarak parazitoid arılar gibi yararlı canlıları da etkilerler. İnsektisitlerin sürekli ve aşırı doz kullanımı zararlı organizmaların yok edilmesinde önem arz eden yararlı canlıların da doğal ortamdan elemine edilmesine neden olmaktadır. Tarım alanlarına büyük zararı olan Avrupa yaprak bükeni Archips rosana larvaları çeşitli meyve ağaçları üzerinden toplanmış ve laboratuvar ortamında Itoplectis maculator erginleri elde edilmiştir. Tarımda yoğun olarak kullanılan Dichlorvos, Diazinon ve Deltamethrin pestisitlerinin önerilen ve sulandırılarak seyreltilmiş dozları 12 ve 24 saat süreyle örnekler ile muamele edilmiş ve örneklere ait ölüm yüzdeleri hesaplanmıştır. Sonuçlara göre 12 ve 24 saatlik ölüm yüzdeleri pestisitlere göre sırasıyla Dichlorvos>Diazinon>Deltamethrin şeklinde belirlenmiştir. Tarımsal alanlarda zararlı olan A. rosana üzerinde etkili olan yararlı böcek I. maculator' un sayısının uygulanan dozlar ile anlamlı derecede azaldığı ortaya çıkmıştır. Tüm bu bilgiler tarım alanlarında zararlılar ile mücadelenin en etkili ve modern yöntemi olan biyolojik mücadele için katkılar sağlayacaktır