Yazar "Doğan, Ayten" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 4 / 4
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Blood transcriptional signatures of gallstone pathogenesis in patients with cholelithiasis and choledocholithiasis
    (2022) Albayrak, Doğan; Doğanlar, Oğuzhan; Kahya, Eyüp; Doğan, Ayten; Doğanlar, Zeynep Banu
    Aim: Disease-specific molecular signalling in peripheral blood has the potential to inform on pathophysiological mechanisms of diseases. Here, we aimed to investigate the blood-based gene expression profiles that reflect disease-specific pathogenic mechanisms of gallstones, such as antioxidant defence, heat-shock responses, DNA damage and repair, ABC pump mechanisms, mucin signals, mitochondrial dysfunction and apoptosis in patients with Cholelithiasis (CHL) and Choledocholithiasis (CHDL). Materials and Methods: The relative fold-change in the mRNA expression levels of 73 genes were analysed using a gallstone-related qRT-PCR array in 10 control individuals, 24 CHL patients and 23 CHDL patients. Serum malondialdehyde levels was determined by thiobarbituric-acid reactive substance assays, and 8-hydroxy-2’-deoxyguanosine levels was determined by ELISA assays. Results: Our results showed that peripheral whole blood gene expression profile strongly reflects tissue specific molecular signalling in gallstone pathogenesis. The present findings of altered gene expressions including antioxidant defence (CuZn-SOD, CAT), heat shock protein (HSP70), DNA repair (MLH1 and RAD18), pro-apoptotic (P53, BAX, Cytc and Caspase 3), ABC transporter (ABCB1, ABCC2, and LRP1) and Mucin signals (MUCIN4, MUCIN5AC and MUCIN5B) point out to DNA damages via oxidative stress as well as deteriorating ABC types pump mechanisms and mucin signals in CHL and CHDL patients. Our findings may also suggest that activation of mitophagy activator, DRP1/hFIS1/PINK1 axis induced by oxidative stress and DNA damage may have a role in the pathogenesis of CHL and CHDL. Conclusion: Our results indicate that a blood-based gene expression signature has promising accuracy for monitorize pathogenesis of disease in CHL patients, CHDL patients and unaffected controls.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Combined treatment of cisplatin and 5-Fluorouracil Induces cell death in ARPE-19 cells through the endoplasmic reticulum stress pathway
    (2021) Doğan, Ayten; Doğanlar, Zeynep Banu; Doğanlar, Oğuzhan
    Aim: Cisplatin and 5-Fluorouracil have been used for about 50 years as chemotherapy agents. Combination of these two agents is known as PF therapy and is widely used in the treatment of anal, esophageal cancer, head and neck cancer. One of the problems encountered with antineoplastic agents is the rapid and irreversible side effects on non-target cells and organs. It is common that occourence of ocular toxicity by chemotherapy. Materials and Methods: ARPE-19 cell viability and toxicity were determined by performing (MTT)-based colorimetric assays and IC50 values calculated by probit analyses options of SPSS 20 Software. Acridine orange/Ethidium bromide (AO/EB) fluorescent staining was performed to determine structural changes such as cell blebbing and chromatin condensation during the apoptosis process on cells. Images examined under a fluorescent microscope (Zeiss Axio Vert.A1) at 40X magnification with FITC filter for AO and Tex Red filter. And Real-time PCR was performed with ABI Step One Plus and Quant Studio 5 Real-Time PCR systems.Results: PF treatment within 24 hours and 48 hours caused ER stress due to toxic effect and this induced cell death through apoptosis via death receptor signaling and intrinsic pathway in ARPE-19 cells. Conclusion: PF-induced activation of the ER stress mechanism can be used as a novel therapeutic strategy for the prevention of side effects of non-target cells.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Kolorektal kanser olgularında preoperatif, postoperatif ve kemoradyoterapi sonrası dönemde kan dokusunda moleküler prognostik ve prediktif biyobelirteçlerin araştırılması
    (Trakya Üniversitesi, 2020) Doğan, Ayten; Doğanlar, Oğuzhan
    Kolorektal kanser dünyada ve Türkiye'de en yaygın kanser tiplerinden biridir ve kansere bağlı ölümler arasında dünyada 3. sırada yer almaktadır. Güncel olarak kolerektal kanserlerin tiplendirilmesinde ve immun terapi etkinliğin belirlenmesinde kullanılan genetik mutasyon temelli testler vardır. Ancak bunlar tedavinin başlangıç aşamasında kullanılabilirdir ve hastalık prognozu ve tedavi arasındaki ilişkiyi göstermezler. Bu sebeple, kolorektal kanserlerinde kan bazlı diagnostik ve prognostik biyomarkerların belirlenmesi günümüzde en çok çalışılan konulardan birisidir. Bu tezin amacı, kolorektal kanserinin patofizyolojisinde önemli olan moleküler sinyal yolaklarındaki gen ekspresyon profilini belirlemek, bu gen ekspresyonları ile farklı tedavi uygulamalarının etkinliğini analiz etmek, son olarak tedavilerin etkinliğini ortaya koyabilecek biyomarkerları belirlemektir. Bu amaçla, tez kapsamında Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvuran kolorektal kanser tanılı hastalardan, sırasıyla kemoradyoterapi öncesi, kemoradyoterapi sonrası, cerrahi operasyon öncesi ve cerrahi operasyon sonrası kan ve serum örnekleri alınmıştır. Çalışmada ayrıca verilerin normalize edilmesi için 10 adet sağlıklı kontrol kullanılmıştır. Alınan bu kanlarda, rutin biyokimya testleri oto-analizörlerde yapılmıştır. Tam kan dokularında, antioksidan savunma, DNA tamir, ısı şok cevabı, endoplasmik retikulum stres (ER stres), hipoksi, JAK/STAT, mitokondrial disfonksiyon, otofaji ve apoptoz yolaklarında önemli görevleri olan 87 adet gen ekspresyonu, aynı zamanda miR-21-5p ve miR-16-5p seviyeleri, kontrol numunelerine kıyasla qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Serum örneğinde, survivin ve IRE1? seviyelerinin belirlenmesinde ELISA kullanılmıştır. Çalışma sonucunda rutin kan parametrelerinde, tedavi grupları arasında anlamlı düzeyde değişim gösteren tüm parametrelerin, hastalığa spesifik markerlar olmadığı belirlenmiştir. Yapılan tam kan gen ekspresyon analizinde, uygulanan tedavi rejiminin, hastalarda güçlü bir oksidatif stres, buna bağlı DNA hasarı aynı zamanda yanlış-hatalı katlanmış protein cevabı oluşturduğu görülmüştür. Bu durum kan dokusunda, güçlü bir mitokondrial disfonksiyon ve özellikle içsel apoptoz yolağı aktivasyonu ile kendini göstermiştir. Proje kapsamında tüm genler kullanılarak yapılan başlıca bileşen analizi sonucunda (PCA), hasta kanlarında kansere bağlı gen ekspresyon profilinin, kontrole kıyasla önemli düzeyde farklı olduğunu, kemoradyoterapi sonrası oksidatif hasar, DNA hasarı, hücre siklus tutuklanması ve ölüm sinyalinin hızla arttığını, ancak özellikle cerrahi operasyon sonrası tedavi alan hastaların kontrol ile istatistik olarak aynı gruba girdiği belirlenmiştir. PCA analizi aynı zamanda kullanılan moleküler yolakların hastalık prognozunu anlamlı düzeyde yansıttığını ortaya koymuştur. FDR ve SAM analizleri bu yolaklarda 22 adet gen ekspresyonunun tedaviye bağlı hastalık prognozu ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Yapılan AUROC analizi, antioksidan savunma yolağından CuZn-SOD (AUC=0.964), DNA tamir yolağından CHOP (AUC=0.865), EXO1 (AUC=1) ve XRCC1 (AUC=0.859), ER stres yolağından XBP1 (AUC=0.960) ve IRE1? (AUC=0.77), ısı şok ailesinden HSP70 (AUC=0.931) ve HSP90 (AUC=0.942), çoklu ilaç direnci proteinlerinden, Pgp (AUC=0.816) ve LRP (AUC=0.875), anjiyogenez yolağından, IGFR (AUC=884), apoptoz yolağından TRAIL (AUC=1), TNF? (AUC=0.933), BID (AUC=0.925), PUMA (AUC=0.749), Survivin (AUC=0.983) ve JAK/STAT yolağından IFNG (AUC=0.833), STAT3 (AUC=0.938), STAT4 (AUC=0.894) ve SOCs3 (AUC=0.895) ve PI3K (AUC=0.804) genlerinin istatistik olarak anlamlı düzeyde seçicilik ve duyarlılık gösterdiğini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, tez bulgularımız, kolorektal kanser hastalarının tam kan dokularında belirlediğimiz 22 genlik biyomarker panelinin, öncelikle sağlıklı bireyleri ve kanser hastalarını başarılı bir şekilde ayırdığını, sonrasında uygulanan farklı tedaviler sonrasında hastalık prognozunu da monitörize edebildiği göstermiştir. Bununla birlikte tek merkezli ve az sayıda hasta ile yapmış olduğumuz çalışma bulgularımızın, çok merkezli, farklı yaş aralıklarında ve fazla sayıda hasta ile doğrulanmasının gerekli olduğu düşünülmektedir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Quercetin’in farklı sürelerde uygulanmasının olası radyoprotektif etkisine katkısının in vivo (Ratlarda) şartlarda mikronukleus yöntemiyle incelenmesi
    (Trakya Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2014) Doğan, Ayten; Doğanlar, Oğuzhan
    Radyoterapide karşılaşılan en önemli zorluklardan bir tanesi uygulama esnasında normal dokuların korunmasıdır. Çünkü radyasyon kanserli hücreleri yok ederken, aynı zamanda normal dokularda da genetik hasara, mutasyona, DNA ve kromozom düzeyinde aberasyonlara neden olabilir. Bu nedenle normal dokuları koruyan toksik olmayan, seçici ve efektif hücre koruyucu bileşikler üzerinde çalışılmaktadır. Yapısal aktivitesi aktivitesi nedeniyle Quercetin etkili bir flavanoiddir. Aynı zamanda flavonoidler arasında yüksek farmakolojik aktiviteye ve potansiyel terapötik uygulamaya sahiptir. Yüksek antioksidan etkinliği nedeniyle Quercetin gibi flavonoidlerin iyonlaştırıcı radyasyonun oluşturacağı serbest radikallerin olumsuz etkilerinin azaltılmasında rol oynayabileceği düşünülmektedir. Bu çalışmada, 2 ay radyasyon uygulanan, Sprague Dawley ırkı albino erkek sıçanların kemik iliği dokularındaki polikromatik eritrosit hücrelerinde Quercetin’in radyoprotektif etkisi, DNA hasarının biyomonitörü olan mikronukleus testi ile araştırıldı. Radyasyon uygulamasından önce farklı zaman aralıklarında (30 dk, 2 saat, 24 saat) 25 µM Quercetin uygulanan kemik iliği dokularına, 2 Gy radyasyon uygulaması yapıldı. Uygulama sonrası ratların kemik iliği örnekleri alındı. Hazırlanan preparatlar boyandı ve mikroskobik inceleme yapıldı. Hazırlanan preparatlar üzerinde rastgele 1000 adet polikromatik eritrosit sayıldı ve içlerindeki mikronuleus içeren polikromatik eritrositlerin sayıları tespit edilerek yüzdeleri çıkartıldı. Her uygulama grubuna ait sonuçlar kendi iç kontrolleri ile karşılaştırıldı. Sonuç olarak, radyasyon uygulaması öncesinde farklı zamanlarda verilen (30 dk, 2 saat, 24 saat) 25 µM konsantrasyondaki Quercetin’in mikronukleus sıklığını bu üç farklı zaman aralığında da azalttığı bulundu. Ancak radyasyon uygulamasından 2 saat önce Quercetin uygulaması yapılan tedavi grubunda mikronukleus sıklığındaki azalmanın en üst seviyede olduğu belirlendi.