Yazar "Bukavaz, Şebnem" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 3 / 3
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Çoğul dirençli Pseudomonas aeruginosa'da dış membran protein profilinin belirlenmesi(Trakya Üniversitesi, 2004) Bukavaz, Şebnem; Otkun, MetinÖZET Pseudomonas aeruginosa 'nın neden olduğu infeksiyonlardaki en önemli sorun hızlı gelişen çoklu antibiyotik direncidir. Bu dirençte en önemli rolü antibiyotiği parçalayıcı yada modifiye edici enzimler ve dış membran geçirgenliğinin azalması oynamaktadır. Antibiyotik varlığında porin proteinlerinin kaybolması, azalması yada moleküler yapısında değişiklik meydana gelmesi bu antibiyotiğe ve yapısal olarak ilişkili yada ilişkisiz antibiyotik gruplarına hücreyi dirençli hale getirir. Bu çalışmanın amacı Trakya Üniversitesi Eğitim, Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde hastane infeksiyonu tanısı konan hastalardan, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarında Ocak 1999-2004 tarihleri arasında izole edilen Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde dış membran proteinleri değişiklikleri ile antibiyotik direnci arasındaki bağlantıyı araştırmaktır. Antibiyotik direnç paternleri ve dış membran proteinleri arasında varolabilecek ilişkinin incelenmesini kolaylaştırmak amacıyla 32 Pseudomonas aeruginosa farklı direnç profillerinden seçildi. SDS-PAGE'de 14-98 kDa arasında 16 farklı protein bantı görülmüştür. Kökenlerimizin 30'unda görülen ~37kDa'lık protein bandı OprF, 19'unda ~50kDa'lık protein bandı OprD olarak değerlendirilmiştir. Çalışılan kökenlerin 13 'ünde OprD protein bandı kaybolmuş ve yedisinde incelmiştir. Kökenlerimizde imipenem direncinde dış membran geçirgenliğinin dirence önemli katkı sağladığı saptanmıştır. Kaybolması kinolon direnciyle ilişkili bulunan 30 kDa'lık dış membran proteini kökenlerimizin 27' sinde kaybolmuştur. Sonuç olarak hastanemizde izole edilen Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde dış membran geçirgenlik değişikliklerinin antibiyotik direncine kısmen eşlik ettiği, diğer direnç mekanizmalarının daha etkin olduğu düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: P.aeruginosa, Antibiyotik Direnci, Dış Membran Proteinleri 36Öğe Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında Nadir İzole Edilen Bir Etken: Streptococcus uberis(2017) Eryıldız, Canan; Bukavaz, Şebnem; Gürcan, Şaban; Hatipoğlu, Osman NuriStreptococcus uberis, sığır mastitlerinin önemli bir kısmından sorumlu gram-pozitif bakteridir. Bakteri nadiren insan enfeksiyonları ile de ilişkili bulunmuştur. Konvansiyonel fenotipik yöntemler bakterinin tanımlamasında yetersiz olabilmekte ve mikrobiyoloji laboratuvarlarında bakteri diğer streptokoklar ve enterokoklar ile karıştırılabilmektedir. Günümüzde, S.uberis izolatlarının doğru bir şekilde isimlendirilmesinde moleküler yöntemler önerilmektedir. Bu raporda S.uberis'in neden olduğu alt solunum yolu enfeksiyonu olgusu ve etkenin tanımlanmasında kullanılan mikrobiyolojik yöntemlerin sunulması amaçlanmıştır. Altmış altı yaşında akciğer yassı epitel hücreli kanser tanısı olan ve radyoterapi alan erkek hasta kontrol amaçlı hastanemize başvurmuştur. Çekilen akciğer grafisi sonrası "kaviter tümör, akciğer apsesi" ön tanılarıyla hastanemize yatırılmıştır. Yatışın ertesi günü alınan kan kültüründe üreme olmazken, balgam kültüründe hastanın oral lezyonlarına bağlı olduğu düşünülen Candida albicans üremesi saptanmıştır. Hastanın yatışından 2 hafta sonra hastada öksürük şikayeti olması ve oskültasyonda "tuber sufl" duyulması üzerine hastadan kültür için balgam örneği alınmıştır. Balgamın Gram boyama ile yapılan yayma mikroskopisinde bol lökosit ve gram-pozitif koklar görülmüş ve %5 koyun kanlı agar ve çikolata agarda S.uberis üremesi saptanmıştır. Bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri VITEK 2 (Biomerieux, Fransa) cihazında yapılmış ve matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) temelli VITEK MS cihazı ile yine S.uberis olarak tanımlanmıştır. İzolat ampisilin, eritromisin, klindamisin, levofloksasin, linezolid, penisilin, sefotaksim, seftriakson, tetrasiklin ve vankomisine duyarlı olarak bulunmuştur. 16S, 23S ribozomal RNA ve 16S-23S intergenik spacer gen bölgeleri özgül primerler ile çoğaltılmış ve parsiyel 16S rRNA polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ürünlerinin DNA dizi analizi 3500xL (Applied Biosystems, ABD) cihazı ile yapılmıştır. Parsiyel 16S rRNA gen dizileme sonucuna göre bakteri S.uberis olarak doğrulanmıştır. Sunulan olgu, bakteri tanımlamasının güncel mikrobiyolojik yöntemlerle yapılmış olması nedeniyle sınırlı sayıdaki insan enfeksiyonu raporlarına önemli katkı sağlamaktadır. S.uberis'in bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda klinik uyum varlığında fırsatçı bir patojen olabileceği düşünülmeli ve tanımlama için fenotipik bakteriyolojik yöntemlere ek olarak güncel diğer mikrobiyolojik yöntemlerden de yararlanılmalıdır.Öğe Pseudomonas aeruginosa’da Fosfat Eksikliğinin Ramnolipid Üretimine ve İlişkili Quorum Sensing Sinyal Moleküllerine Etkisi(2019) Bukavaz, ŞebnemGiriş: Ramnolipid Pseudomonas aeruginosa infeksiyonlarının oluşması ve devamlılığı için gerekli olan bir virülans faktördür. Ramnolipidüretiminin kontrolü hücre yoğunluğuna bağlı düzenleme (quorum sensing) altındadır. Ayrıca, çevre/besin seviyelerine bağlı olarak dapek çok faktörden etkilenir. Bu çalışmada, fosfat eksikliğinin quorum sensing moleküllerine etkisi ramnolipid üretimi altında incelenmiştir.Materyal ve Metod: Çalışmada fosfatın ramnolipid üretimine etkisi, P. aeruginosa PAO1 (kontrol suşu) ve ramnolipid mutant suşlarının“Luria-Bertani (LB)”, Proteose Pepton Glukoz Amonyum Tuzu (PPGAS) ve PPGAS besiyerine fosfat eklenerek hazırlanmış (50 mM finalkonsantrasyon) besiyerlerindeki kültürlerinden elde edilen örneklere, orcinol ve ince tabaka kromatografi (TLC) yapılarak gösterildi. Ayrıca,ramnolipid üretimiyle ilişkili quorum sensing oto uyaranları 16, 24 ve 48 saatlik bakteri kültürlerinden izole edilerek kantitatif “HighPerformanceLiquid Chromatography-Mass Spectrometry (HPLC-MS)” analizi ile ölçüldü.Bulgular: Orcinol test ile yapılan ramnolipid tayininde, P. aeruginosa PAO1 suşunun PPGAS besiyerinde 48 saatlik örneklerde, LB’yegöre 20 kat daha fazla ramnolipid ürettiği gözlendi. PPGAS besiyerine fosfatın (final konsantrasyon; 50 mM) eklenmesi ramnolipidmiktarında 48 ve 72 saatlik örneklerde sırasıyla; %54 ve %64 oranlarında azalmaya sebep oldu. Quorum sensing sinyal molekülleriarasında en fazla miktarda C4-HSL ve PQS bulunurken, bunu HHQ ve 3-oxo-C12-HSL takip etti.Sonuç: P. aeruginosa PAO1’de fosfat eksikliği, quorum sensing’in RhlR ve PQS sistemlerini aktifleştirerek ramnolipid üretimini arttırır.Ramnolipid üretimi artarken, aynı yolakla diğer virülans faktörlerinin de aktifleştiği düşünüldüğünde, fosfat eksikliği P. aeruginosa’nınvirülansının artmasına sebep olur
