Yazar "Şen, Burhan" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 7 / 7
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Edirne İli Karaağaç bölgesi sebze ekim alanlarındaki atmosferik fungal flora üzerinde araştırmalar(Trakya Üniversitesi, 1998) Şen, Burhan; Asan, AhmetÖZET Bu çalışmada "Yerçekimine Dayalı Petri Plak Metodu" kullanılarak içlerinde PDA besiyerinin bulunduğu petri plaklarının havayla temas ettirilmesi sağlanmak suretiyle Edirne ili Karaağaç Bölgesinde 5 değişik sebze ekim alanı havasındaki mikrofunguslar ile yoğunluklarının, aylık ve istasyonlara göre araştırılması amaçlanmıştır. Nisan 1996 ve Eylül 1996 aylarını kapsayan sürede ayda bir defa örnek alınmıştır. Mikrofungus izolasyonu için 90 petri plağı kullanılmış ve bu plaklarda toplam 1166 koloni sayılmıştır. Yapılan teşhisler sonucu 12 cins (Absidia, Altemaria, Aspergillus, Botryotrichum, Chlamydomyces, Cladosporium, Endocochlus, Fusarium, Nematochtonus, Penicillium, Trichoderma ve Torula) ve 25 tür {Altemaria alternata, A. citri, Aspergillus clavato-nanica, A. niger, A. parvulus, A. pseudoglaucus, A. versicolor, A. wentii, Cladosporium carpophilum, C. herbarum, Fusarium acuminatum, F. heterosporum, F. oxysporum, F. sambucinum, F. subglutinans, Penicillium brevi- compactum, P. camemberti, P. cyclopium var. echinulatum, P. estinogenum, P. funiculosum, P. griseum, P. implicatum, P. lanosum, P. restrictum ve P. rugulosum ) bulunmuştur. A. alternata ve C. carpophilum en sık izole edilen türlerdir. Teşhis ettiğimiz A. clavato-nanica ve P. estinogenum türlerinin Türkiye için yeni kayıt olma olasılığı çok yüksektir. Bulunan sonuçlara Minitab Programı kullanılarak "Korelasyon Analizleri" yapılmış ve istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.Öğe Evlerde Kullanılan Buzdolaplarının İç Ortamında Havayla Taşınan Fungusların Biyoçeşitliliği(2017) Özdil, Soner; Asan, Ahmet; Şen, Burhan; Ökten, SuzanBu çalışmada, 4 farklı evde kullanılan buzdolaplarının ç ortam havasında bulunan m krofungusların morfoloj k ve moleküler dent f kasyonu yapılarak, buzdolabı hava ortamındak m krofungal çeş tl l ğ n tesb t amaçlanmıştır. Araştırma materyal Ek m, Kasım ve Aralık 2012 aylarının lk ve son haftasında 4 farklı stasyondan (her ay k şer kez olmak üzere) toplam 24 kez örnekleme yapılarak elde ed lm şt r. Hava örnekleme c hazı (M ll pore) le, b r örneklemede 100 L hava asp re ed lerek alınmıştır. Örnekleme şlem nde D chloran Glycerol Agar (DG 18) bes yerler kullanılmıştır. İzolatlar saf kültür olarak elde ed l p yatık Potato Dextrose Agar (PDA) bes yer ne pasaj alınarak 25°C'de 7 gün nkübe ed lm ş ve daha sonra stok kültür olarak 4°C'de saklanmıştır. Elde ed len zolatlar özell kler ne göre PDA, Malt Extract Agar (MEA), Czapek Yeast Extract Agar (CYA), Czapek Yeast Extract Agar w th 20% Sucrose (CY20S), Glycerol N trate Agar (G25N), Czapeks-Dox Agar (CZ), Creat ne Sucrose Agar (CREA), Yeast Extract Sucrose Agar (YES) ve DG 18 bes yerler ne ek lerek morfoloj k teşh sler lg l monograflardan yararlanılarak yapılmıştır. Moleküler teşh ste se elde ed len fungal ampl konların d z anal zler Sanger yöntem yle, ABI pr sm B g Dye Term nator Cycle Sequenc ng Ready React on K t kullanılarak, ABI Pr sm 377 DNA Sequencer'da (Appl ed B osystems, ABD) bel rlenm şt r ve gen bankasındak benzer sekanslarla BLAST Anal z yapılarak kıyaslanmıştır. Araştırmanın sonucunda teşh s yapılan mantarların yüzdel k dağılımları % 34 Pen c ll um, % 24 Cladospor um, % 17 Alternar a, % 11 Asperg llus türler ve % 9 d ğer türler olarak tespit edilmiştir.Öğe Kesin Fungus Tu?r Tayini İçin Multilokus Dizi Analizi (MLSA) Tabanlı Bir Yöntem Geliştirilmesi(2018) Şen, Burhan; Kolukırık, Mustafa; Asan, AhmetFenotipik analizlerin morfolojik özellikleri incelenen tu?re bağlı standart olmayan farklılıklar gösterebilmesi ve internal transkrpite sekans (ITS) bölgelerinin birçok durumda yakın tu?rlerin ayrımının yapılabileceği nu?kleotid farklılıklarını içermemesi nedenleriyle, multilokus dizi analizi (MLSA) gibi yöntemlerle birden fazla DNA lokusunun hedeflenmesi, fungide kesin tu?r tayini için daha uygun bir yaklaşım olarak ortaya çıkmıştır. Bakteriyel sistematikte çok sık kullanılan MLSA fungal sistematikte az sayıda tu?ru?n sınıflandırılmasında kullanılmıştır. Bu proje ile ekolojik açıdan önemli fungus tu?rlerinin çoklu lokus bilgilerini içeren referans nitelikli bir Fungal MLSA veri tabanı oluşturulmuş ve tu?r spesifik çoklu lokus dizilimlerine dayalı tu?r tahminini yapabilecek bir yazılım geliştirilmiştir. Bu kapsamda Alternaria (14), Aspergillus (42), Chaetomium (1), Cladosporium (14), Eurotium (6), Fusarium (31), Graphiopsis (2), Microascus (2), Mucor (8), Neosartorya (2), Paecilomyces (2), Penicillium (77), Petromyces (2), Phoma (1), Rhizopus (4), Scopulariopsis (6), Stachybotrys (2), Talaromyces (12), Trichoderma (6), Trichotecium (2), Wallemia (2) cinslerine ait 124 farklı tu?r, 238 adet fungal suşa ait DNA dizileri elde edilmiştir. Elde edilen dizilerler, sadece ITS ve ITS’ye ek olarak sırasıyla calmodulin (2 gen), EF1-? (3 gen), ?- Tubulin (4 gen), RPB2 (5 gen), RPB1 (6 gen) ve IGS (7 gen) hedefli MLSA alternatifleri değerlendirilmiştir. ITS hedefli yaklaşımla 124 tu?ru?n 62si kesin olarak ayırt edilememiş, 2 gen hedef ile 56, 3 gen hedef ile 27, 4-7 gen hedef ile 22 tu?r kesin olarak ayırt edilememiştir. 5-7 gen hedefli MLSA ekstra bir çözu?nu?rlu?k sağlamadığı için, MLSA veri tabanın 4 gen hedefli olmasına karar verilmiştir. Ayırt edilemeyen tu?rlerden Alternaria tenuissima, A. longipes, A. alternata, Cladosporium variabile, C. macrocarpum ve Mucor racemosus, M. circinelloides için aktin geni, Aspergillus tubingensis, A. niger, Aspergillus parasiticus, A. oryzae, Fusarium tricinctum, F. acuminatum, Penicillium aurantiogriseum, P. commune, P. expansum, P. freii, P. sclerotigenum, P. solitum, P. verrucosum ve Penicillium hordei, P. crustosum, P. italicum, P. nordicum için phosphoglycerate kinase (PGK) geni, Penicillium carneum, P. discolor, P. echinulatum için ise cytochrome oxidase subunit 1 (COI) geninin ekstra dizilenmesi ile kesin tu?r ayırımının gerçekleştirilebildiği belirlenmiştir. Morfolojik ve ITS tanımlaması ile taksonomisi belirlenen 200 farklı saha izolatı, proje kapsamında geliştirilen yöntem ile MLSA analizine tabi tutulmuştur. Morfolojik ve ITS tanımlamasının cins du?zeyinde sınıflandırabildiği 64 suşun tu?ru?, MLSA veri tabanı yardımıyla kesin olarak tespit edilebilmiştir. Projenin kapsamında önerilen deneysel yaklaşım kullanılarak yapılacak yeni çalışmalar, proje kapsamı dışındaki fungal tu?rlere ait bilgiler elde edilmesini mu?mku?n kılacaktır. Bu yeni bilgilerle genişleyecek olan veritabanı zamanla evrensel bir nitelik kazanabilecektir.Öğe Klinik açıdan önemli bazı trichophyton türlerinin hızlı tespiti için multiplex real-time pcr temelli bir yöntem geliştirilmesi(Fen Bilimleri Enstitüsü, 2021) Korkmaz, Aras Fahrettin; Şen, BurhanBu çalışma çerçevesinde, insanların deri, saç ve tırnakları gibi vücut bölgelerinde dermatolojik anlamda patojen olan Trichophyton genusuna mensup olan 6 dermatofitin geleneksel kültürasyon yöntemlerine nazaran moleküler kapsamda çok daha hızlı ve doğru tanılaması amaçlanmıştır. Trichophyton genusuna ait olan; Trichophyton interdigitale, Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton rubrum, Trichophyton tonsurans, Trichophyton verrucosum ve Trichophyton violaceum türlerinin daha önce hiçbir bilimsel çalışmada olmayan, spesifik primer ve prob oligonükleotid genetik sekanslarının in silico formatta tasarlanması amaçlanmıştır. Dermatofit küflerinin her biri için ayrı ayrı; Aktin, ATP6, Beta-Tubulin, IGS-1, ITS-1, ITS-2, ITS-3, ITS-4, Kalmodulin, NTS, RPB-1, RPB-2 ve TEF-1? gibi barkod genleri ile varsa özgün başka bir gen bölgesine yönelik çalışmalar yapılması planlanmıştır. Trichophyton interdigitale için NTS, Trichophyton mentagrophytes,Öğe Saf Kültür Olarak Stoklanmış Bazı Mikrofungusların ITS, Betatubulin ve Aktin Gen Dizilerine Göre Moleküler Tanısı(2018) Asan, Ahmet; Tuney, Elçin; Şen, BurhanBu çalışmada, Trakya Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Mikrobiyoloji laboratuvarında saf kültür olarak stoklanmış bununla beraber; cins veya tür düzeyinde morfolojik olarak teşhis edilemeyen bazı mikrofunguslar moleküler olarak tanımlanmıştır. Çalışmada kullanılan mikrofunguslar daha önce tür düzeyinde morfolojik olarak tanımlanamamış izolatlardan oluşmuştur. Örnekler, MEA besiyerine ekilip 25ºC’de 7 gün inkübe edilmiştir. Besiyerinden alınan örnekler, analiz yapılana kadar -20ºC’de saklanmıştır. DNA izolasyonu için funguslara özel, kimyasal (SDS ve CTAB), biyokimyasal (proteinazK vb.) ve fiziksel (0.1 mm çaplı boncuklar) parçalama yöntemlerini bir arada kullanan DNA izolasyon kitleri kullanılmıştır. Çeşitlilik çalışmaları, PCR tabanlı fungal çeşitlilik çalışma kitleri ile yapılmıştır. Tüm izolatlar için ITS gen dizisi kullanılmış, cinse bağlı olarak ?-tubulin ve Actin gen dizilimlerini hedeflenmiştir. PCR ile çoğaltılan DNA dizilimleri “Sanger Sequencing Yöntemi” ile dizilenmiştir. Elde edilen dizilerin hangi organizmalara ait olduğu NCBI ve EBI gibi uluslararası nükleik asit data bankalarında mevcut dizilimlerle, elde edilen filotiplerin dizilimleri karşılaştırılarak belirlenmiştir. Toplam 61 mikrofungus örneği, cins düzeyinde 3 gruba (A,B,C) ayrılmış olup, gruplara göre ilgili gen bölgeleri moleküler teşhis için analiz edilmiştir. 3 grup için hem ilgili gen bölgeleri hem de ITS bölgeleri baz alınarak yapılan moleküler analizler sonucunda, 6 örneğin tür teşhisi yapılamamış, 56 tür moleküler düzeyde teşhis edilmiştirÖğe Tekirdağ ili ev dışı ve ev içi havasındaki mikrofungusların tespiti, mevsimsel dağılımları ve klimatik faktörlerle ilişkisi(Trakya Üniversitesi, 2004) Şen, Burhan; Asan, AhmetÖZET Tekirdağ İli Ev Dışı ve Ev İçi havasındaki Mikrofungusların Tespiti, Mevsimsel dağılımları ve Klimatik Faktörlerle İlişkisi Bu çalışmada, Tekirdağ İlindeki 6 farklı evin ev dışı ve ev içi havasındaki mikrofunguslar ile yoğunluklarının, aylık, mevsimsel ve klimatik faktörlerle ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. "Yerçekimine Dayalı Petri Plak Metodu" kullanılarak içlerinde Rose-Bengal streptomycin agar besiyerinin bulunduğu petri plaklarının hava ile temas ettirilmesi sağlanmak sureti ile, Mart 2001 -Şubat 2002 tarihlerini kapsayan 12 aylık sürede, ayda bir defa olmak üzere örnekleme işlemleri gerçekleştirilmiştir. Mikrofungus izolasyonu için toplam 432 petri plağı kullanılmış ve bu plaklarda 1790'ı ev içi ve 241 5 'i ev dışı olmak üzere toplam 4205 mikrofungus kolonisi sayılmıştır. Çalışma sonucunda, 12 mikrofungus cinsine ait {Alternaria, Aspergillus, Cladosporium, Drechslera, Fusarium, Mycelia sterilta, Mucor, Penicillium, Rhizopus, Scopulariopsis,Trichoderma, Tricholhecium, Ulocladium) ve 42 mikrofungus türü [Alternaria alternata, A. citri, Aspergillus fumigatus, A. niger, A. tamarii, A. versicolor, A. yventii, Cladosporium cladosporoides, C. herbarum, C. oxysporum, C. sphaerospermum, Fusarium graminearum, Penicillium adametzii, P. aurantiogriseum, P. brevicompaclum, P. camembertii, P. canescens, P. chrysogenum, P. citreonigrum, P. citrinum, P. corylophylum, P. crustosum, P. decumbens, P. donkii, P. glabrum, P. granulatum, P. griseofulvum, P. herquei, P. hirsutum, P. implicatum, P. inflatum, P. islandicum, P. melinii, P. miczynskii, P. ochrocloron, P. oxalicum, P. pupurescens, P. roquefortii, P. simplicissimum, P. viridicatum, Scopulariopsis brevicaulis ve Trichothecium roseum] izole edilmiştir. En sıklıkla izole edilen mikrofungus cinsleri sırasıyla Penicillium, Cladosporium ve Alternaria'' dır. Penicillium ve Cladosporium ev içi havasının dominant cinsleriyken, Alternaria ve Penicillium ev dışı havadan en sık izole edilen cinslerdir. Toplam mikrofungus ve mikrofungus cinslerinin spor sayılan ile sıcaklık, nispi nem, toplam yağış, rüzgar hızı, günün güneşli zamanları, SO2 ve aerosol (Partikular madde) konsantrasyonu arasındaki ilişkiyi araştırmak için istatistiksel analiz olarak SPSS bilgisayar programı (7.0 versiyonu) kullanılarak "Korelasyon Analizi" uygulanmıştır. Aspergillus cinsinin spor konsantrasyonu ile sıcaklık arasında pozitif bir ilişki tespit edilmişken, aylık ve günlük nispi nem, günün güneşli zamanlan, aerosol (Partikular madde miktan) ve SO2 konsantrasyonu arasında ve aynı zamanda Penicillium spor konsantrasyonu ile ortalama aylık ve günlük günün güneşli zamanlan ve sıcaklık gibi parametreler arasında negatif ilişki tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Havayla taşman funguslar, şehir havası, Ev içi ve ev dışı hava, TekirdağÖğe Türkiye'nin beş ilinde hastane yenidoğan ünitelerinin iç ortam havasında potansiyel infeksiyon riski oluşturabilen mikrofungal biyoçeşitliliğin belirlenmesi(2015) Asan, Ahmet; Kadaifçiler, Duygu; Günyar, Özlem Abacı; Ökten, Suzan; Şen, Burhan; Aydoğdu, Halide; Uztan, Alev[Abstract Nıt Available]